Depuis le 1er juillet, la production aquacole bio de poissons, coquillages et algues marines est encadrée par de nouvelles règles européennes. Applicables dans tous les États membres de l’Union, celles-ci régissent l’environnement de la production aquacole et la séparation des unités de production bio et non bio. Elles fixent aussi les conditions relatives au bien-être animal, notamment les densités de peuplement maximales. Outre de garantir la qualité de l’eau, elles interdisent l’utilisation d’hormones pour provoquer le frai, et limitent l’usage des médicaments vétérinaires. Les aliments pour animaux doivent être bio, et ceux à base de poissons doivent provenir de pêcheries gérées de façon durable. En 2008, l’Europe comptait quelque 123 exploitations aquacoles bio certifiées, sur un total de 225 à travers le monde. Ces exploitations étaient à l’origine de plus de la moitié de la production mondiale, soit 50 000 tonnes en 2008. Les cinq plus gros producteurs de l’Union sont le Royaume-Uni, l’Irlande, la Hongrie, la Grèce et la France. Le saumon reste l’espèce vedette.
